Etude Metagenomique Fonctionnelle de la Rhizosphère d’Erica Andevale

Dernièrement, la metagenomique est apparue comme une alternative aux méthodes conventionnelles de screening microbiologique, puisqu’elle permet d’étudier d’une manière exhaustive les communautés microbiennes dans leur entourage naturel. Ici, on a utilisé cette technique pour évaluer l’extension et la diversité des mécanismes de résistance des communautés microbiennes associées à la rhizosphère d’ Erica andevalensis, bruyère extremophile et endémique de la rivière Rio Tinto, Espagne. Pour cela on a construit une librairie metagenomique á base du plasmide pBluescript SKII+ comme vecteur de clonage, acceptant des inserts dont la taille peut varier entre 2500pb et 8000pb (paire de base). Notre librairie comprenait 60000 clones, auxquels nos avons soumis á la sélection de quatre antibiotiques : l’acide nalidixique, la tétracycline, la streptomycine et la kanamycine. Contre ce derniers, nous avons isolé un clone résistant avec une CMI = 10μg/ml. Le séquençage de l’insert et son analyse bioinformatique ultérieure a révélé qu’il s’agit d’un aminoglycoside phosphotransferase APH III qui agit par désactivation par phosphorisation de l’antibiotique.